METHOD NOTE
空间邻近不等于调控因果
共定位能够发现候选关系，但相邻表达也可能来自共同信号或相同发育阶段。结论需要回到时间、扰动和独立实验。
理解空间组学
DEVICE DOCK
先确认设备，再进入研究工作区
FROM TISSUE TO ATLAS
一份空间数据如何形成
每个阶段保留自己的证据，不让最终图形遮住样本经历过的处理。
- 组织与方向
记录阶段、切片方向和组织朝向。
- 空间采样
为每个区域保留可追溯的位置地址。
- 表达测量
检查低输入测序质量与批次差异。
- 坐标重建
把表达矩阵放回连续切片和组织轴线。
- 独立复核
用标志基因、重复样本和公开数据确认。
AP
1234567891011
VISUAL NOTE
颜色越醒目，不代表证据越强
色标、归一化和缺失值会改变图形。可视化应同时展示采样点、处理方法与适用范围。
阅读可视化方法RESEARCH LOG
跨设备交接，不只同步一个文件夹
- 原始数据
- 只读保存，记录来源、日期与校验信息。
- 分析过程
- 脚本、环境和参数与输出分开管理。
- 图表结果
- 标明数据版本、表达尺度和生成方法。
- 研究判断
- 把事实、推论和未解决问题分开书写。
FIELD JOURNAL
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把原始数据、分析脚本、图表和研究说明按可追溯关系组织，而不是只同步一个文件夹。
QUESTIONS
开始前常见问题
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手机更适合查看图表、记录和协作批注。大型数据处理仍应在具备合适存储与计算环境的设备上完成。
公开数据能直接支持新的实验结论吗？
公开数据可以用于复核方法和提出问题，但需要确认物种、阶段、样本处理与研究条件是否可比。